El poblado de Intipucá es de origen lenca. Entre los sucesos más relevantes de este poblado se encuentra un ataque pirata el año 1663. En el lugar habitaban alrededor de 60 personas hacia 1740, e ingresó al partido de San Alejo el año de 1786. En 1807, por su «absoluta despoblación», la localidad fue suprimida por el corregidor de la Intendencia de San Salvador don Antonio Gutiérrez y Ulloa. A pesar de todo, continuó siendo parte del distrito de San Alejo y desde 1865 pertenece al departamento de La Unión.

A raíz de la emigración de sus habitantes hacia los Estados Unidos, desde la segunda mitad del siglo XX y motivada principalmente por la guerra civil local, la zona ha sido favorecida con las remesas enviadas desde ese país. De hecho, es considerado el primer municipio, en El Salvador, donde hubo emigración masiva.